自分の疑問をいくつか解決できたので、Ｑ＆Ａ形式でまとめ。
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Ｑ：攻撃ステップ開始時、エクサランス・フライヤーからエクサランス・ストライカーに武装変更した場合、
リロールは出来るか？
Ａ：出来る。サンクルＱ＆Ａ参照。
Q.138 「ジュリア（CH-066）」がいる状態で、「ゼーガペイン・カラドリウス（U-082）」のみが戦闘エリアにいる場合、「ゼーガペイン・カラドリウス」は、ダメージ判定ステップ開始時に「ジュリア」の効果でダメージを受ける前に「武装変更」の効果で置き換える事は可能ですか？
A.138 できません。（手札などから）プレイヤーが能動的に起動するタイプの（自動）の効果は、通常の（自動）の効果の後にのみ起動する事が可能です。ただし、「武装変更」の効果もステップ開始時に適用されるので、置き換えによって場に出たカードが持つ、”ステップ開始時に起動する（自動）の効果”は、置き換えた後にも適用する事は可能です。
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Ｑ：敵軍シャイナのいる戦闘エリアで、自軍プレイヤーは武装変更できるか？
Ａ：出来ない。サンクルＱ＆Ａ７０参照。
Q.070 「ギジェ・ザラル（CH-027）」の効果が適用されている戦闘エリアに、「ブングル・スキッパー＆ブングル・ローバー（U-030）」を出撃させた場合、「ブングル・スキッパー＆ブングル・ローバー」の効果で、チップを出す事ができますか？
A.070 できません。チップを出す効果も”ユニットを移動させる”効果に含まれます。また「武装変更」等の効果で置き換える場合も、同様に”ユニットを移動させる”効果に含む為、置き換える事ができません。
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Ｑ：シャカとミロが交戦中となった場合はどうなるか？
Ａ：シャカが勝つ。旧ガンダムウォーＱ＆Ａ参照。
《Q236》 「シーブック・アノー（CH-80）」がセットされているユニットと、「バグ（U-C21）」が交戦中となった場合、「バグ」の“廃棄される効果”は発生しますか？
《A236》 発生しません。同様のタイミングで適用される（自動A）の効果と（自動D）の効果が存在する場合、（その効果が成立する場合）ただちに適用される（自動A）に対して、（自動D）の効果は“解決するタイミング”が存在する為、必ず（自動A）が先に適用されます。
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Ｑ：シャカのいる戦闘エリアで、マジンガーＺ（ルストハリケーン）に武装変更したらどうなるか？
Ａ：ルストハリケーンの効果が解決される。旧ガンダムウォーＱ＆Ａ参照。
《Q501》自軍「νガンダム（U-288）」がリングエリアにいる状態で、敵軍「シャイニングガンダム（スーパーモード）（U-G12）」が「シャイニングガンダム（U-G1）」と置き換えられ、リングエリアに出た場合、「シャイニングガンダム（スーパーモード）」のユニットを破壊する効果は適用されますか？
《A501》 適用されます。（自動B）のテキストである「場に出た場合」等の効果は、場に出たと同時に効果が起動する為、「νガンダム」の効果が適用される前に起動し、効果を適用する事ができます。
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Ｑ：アイオリアのテキストを使用した後、一輝を出して先頭にした場合もテキストは有効か？
Ａ：有効だと思われます。Ｑ＆Ａ関係では見つからなかったですが……。
旧ガンダムウォーの「アッグガイ」のテキストが部隊の先頭ではなくなっても有効でないと問題があるテキストだったため、
アイオリアも解決済みの効果として有効と判断できると思われます。
（自軍ダメージ判定ステップ）：《1》このカードが部隊の先頭にいる場合、このカードと交戦中の敵軍セットグループ1つは、次のターンのリロールフェイズの規定の効果で、リロールできない。
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Ｑ：キングゲイナーのテキストを使用後、キングゲイナー（オーバーフリーズ）に武装変更した場合、次のターンに出撃できるか？
Ａ：「出撃できる」という待機中の効果を引き継ぐ形で、可能と思われる。マクロスＱ＆Ａ参照。
Q27 「After, in the dark（C-030）」で指定されたユニットが、「武装変更」等の効果で置き換えられた場合、どうなりますか？
A27 置き換え後のユニットに効果が引き継がれます。”置き換え”の効果では、未解決の効果や待機中の効果を引き継ぎます。
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Ｑ：舞浜シャイニングオーシャンパンチの移すってどの順番？
Ａ：ダメージではないので、１枚づつの移動ではなくそのまま。
コスモバビロン、司令部の移送系と同じテキスト。
（自動B）：このカードがプレイされて場に出た場合、自軍捨て山の全てのカードを、（そのままの状態で）自軍本国の下に移す。
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テキスト確認用
http://www.carddas.com/crusade/cardlist/decksrc/201202/1329265321.html
必ずしもこの回答が正しいわけではないので、その点はご注意くださいませ～。
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Ｑ：攻撃ステップ開始時、エクサランス・フライヤーからエクサランス・ストライカーに武装変更した場合、
リロールは出来るか？
Ａ：出来る。サンクルＱ＆Ａ参照。
Q.138 「ジュリア（CH-066）」がいる状態で、「ゼーガペイン・カラドリウス（U-082）」のみが戦闘エリアにいる場合、「ゼーガペイン・カラドリウス」は、ダメージ判定ステップ開始時に「ジュリア」の効果でダメージを受ける前に「武装変更」の効果で置き換える事は可能ですか？
A.138 できません。（手札などから）プレイヤーが能動的に起動するタイプの（自動）の効果は、通常の（自動）の効果の後にのみ起動する事が可能です。ただし、「武装変更」の効果もステップ開始時に適用されるので、置き換えによって場に出たカードが持つ、”ステップ開始時に起動する（自動）の効果”は、置き換えた後にも適用する事は可能です。
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Ｑ：敵軍シャイナのいる戦闘エリアで、自軍プレイヤーは武装変更できるか？
Ａ：出来ない。サンクルＱ＆Ａ７０参照。
Q.070 「ギジェ・ザラル（CH-027）」の効果が適用されている戦闘エリアに、「ブングル・スキッパー＆ブングル・ローバー（U-030）」を出撃させた場合、「ブングル・スキッパー＆ブングル・ローバー」の効果で、チップを出す事ができますか？
A.070 できません。チップを出す効果も”ユニットを移動させる”効果に含まれます。また「武装変更」等の効果で置き換える場合も、同様に”ユニットを移動させる”効果に含む為、置き換える事ができません。
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Ｑ：シャカとミロが交戦中となった場合はどうなるか？
Ａ：シャカが勝つ。旧ガンダムウォーＱ＆Ａ参照。
《Q236》 「シーブック・アノー（CH-80）」がセットされているユニットと、「バグ（U-C21）」が交戦中となった場合、「バグ」の“廃棄される効果”は発生しますか？
《A236》 発生しません。同様のタイミングで適用される（自動A）の効果と（自動D）の効果が存在する場合、（その効果が成立する場合）ただちに適用される（自動A）に対して、（自動D）の効果は“解決するタイミング”が存在する為、必ず（自動A）が先に適用されます。
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Ｑ：シャカのいる戦闘エリアで、マジンガーＺ（ルストハリケーン）に武装変更したらどうなるか？
Ａ：ルストハリケーンの効果が解決される。旧ガンダムウォーＱ＆Ａ参照。
《Q501》自軍「νガンダム（U-288）」がリングエリアにいる状態で、敵軍「シャイニングガンダム（スーパーモード）（U-G12）」が「シャイニングガンダム（U-G1）」と置き換えられ、リングエリアに出た場合、「シャイニングガンダム（スーパーモード）」のユニットを破壊する効果は適用されますか？
《A501》 適用されます。（自動B）のテキストである「場に出た場合」等の効果は、場に出たと同時に効果が起動する為、「νガンダム」の効果が適用される前に起動し、効果を適用する事ができます。
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Ｑ：アイオリアのテキストを使用した後、一輝を出して先頭にした場合もテキストは有効か？
Ａ：有効だと思われます。Ｑ＆Ａ関係では見つからなかったですが……。
旧ガンダムウォーの「アッグガイ」のテキストが部隊の先頭ではなくなっても有効でないと問題があるテキストだったため、
アイオリアも解決済みの効果として有効と判断できると思われます。
（自軍ダメージ判定ステップ）：《1》このカードが部隊の先頭にいる場合、このカードと交戦中の敵軍セットグループ1つは、次のターンのリロールフェイズの規定の効果で、リロールできない。
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Ｑ：キングゲイナーのテキストを使用後、キングゲイナー（オーバーフリーズ）に武装変更した場合、次のターンに出撃できるか？
Ａ：「出撃できる」という待機中の効果を引き継ぐ形で、可能と思われる。マクロスＱ＆Ａ参照。
Q27 「After, in the dark（C-030）」で指定されたユニットが、「武装変更」等の効果で置き換えられた場合、どうなりますか？
A27 置き換え後のユニットに効果が引き継がれます。”置き換え”の効果では、未解決の効果や待機中の効果を引き継ぎます。
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Ｑ：舞浜シャイニングオーシャンパンチの移すってどの順番？
Ａ：ダメージではないので、１枚づつの移動ではなくそのまま。
コスモバビロン、司令部の移送系と同じテキスト。
（自動B）：このカードがプレイされて場に出た場合、自軍捨て山の全てのカードを、（そのままの状態で）自軍本国の下に移す。
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テキスト確認用
http://www.carddas.com/crusade/cardlist/decksrc/201202/1329265321.html
必ずしもこの回答が正しいわけではないので、その点はご注意くださいませ～。
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